微孔板的材质会影响检测分析结果，如透光率、自发荧光、吸湿性、气体交换等。材质的吸光性会降低荧光检测的灵敏度，材质的自发荧光会降低发射光检测的灵敏性和改变检测发射光的波长范围。聚苯乙烯（PS）材质不适用于UV光透射检测分析，需要选用环烯烃共聚物（COC）或者环烯烃聚合物（COP）材质。微孔板的自发荧光不仅和材质相关，还和微孔板的颜色深浅相关。
微孔板的材质具有不同的吸湿性气体交换特性，以及机械学和热力学特性。需要进行自动化操作的实验，材质的抗机械性是一个重要考虑因素。微孔板如果需要采用热封膜，材质的热力学特性也需要重点关注。如果热封时，温度过高，可能导致微孔板发生微小形变，影响后续实验操作，如显微成像、机械臂自动化操作。
